南京工程审计依据《审计法》规定的审计程序中的主要环节包括有下列5点：
（1）按照审计项目计划确定的审计事项组成审计组，在实施审计三日前，向被审计单位送达审计通知书。
（2）审计人员凭借审查会计凭证、会计帐簿等资料，检查现金、实物、有价证券，向有关单位与个人调查等方式进行审计，以及获得证明材料。郑州工程审计
（3）审计组对于审计事项实施审计后写出审计报告，征求被审计单位的意见，被审计单位自接到审计报告之日起十日内，把其书面意见送交至审计组或者者审计机关。
（4）审计机关审定审计报告，对于审计事项作出评价，出具审计意见书，对于违反国家规定的财政收支、财务收支行为，必须要依法给子处理处罚的，在法定职权范围内作出审计决定或者向有关主管机关提出处理、处罚意见。
（5）审计机关应当自收到审计报告之日起三十日内，把审计意见审计决定送至被审计单位和有关单位。审计决定自送达之日起生效。修缮工程审计
